Em 2015, quinze anos após um cataclismo global conhecido como Segundo Impacto, o adolescente Shinji Ikari é convidado a
ir para a futurística cidade de Tóquio-3 pelo seu pai distante Gendo Ikari, diretor de uma força paramilitar especial chamada Nerv.
Shinji testemunha as forças das Nações Unidas ao lutar contra um Anjo. Por causa dos campos de força quase impenetráveis dos Anjos,
as gigantescas biomáquinas Evangelion da Nerv, sincronizadas com o sistema nervoso de seus pilotos e possuindo os seus próprios
campos de força, são as únicas armas capazes de impedi-los de aniquilar a humanidade. A oficial Misato Katsuragi escolta Shinji
até o complexo da organização abaixo da cidade, onde seu pai o pressiona a pilotar o Evangelion Unidade-01 contra o Anjo.
Sem treinamento, Shinji é rapidamente dominado na batalha, fazendo com que o Evangelion enlouqueça e mate o Anjo sozinho.

Depois de ser hospitalizado, Shinji passa a morar com Misato e estabelece-se em Tóquio-3. Na sua segunda batalha, ele destrói um Anjo,
mas foge em seguida, perturbado. No entanto, Misato confronta Shinji e ele decide permanecer como piloto. A equipa da Nerv e Shinji devem
então batalhar e derrotar os 14 Anjos restantes para evitar o Terceiro Impacto, um cataclismo global que destruiria o mundo. O Evangelion
Unidade-00 é reparado logo depois. Shinji tenta fazer amizade com seu piloto, a misteriosa e socialmente isolada adolescente Rei Ayanami.
Com a ajuda de Rei ele derrota outro Anjo. Eles são então acompanhados pelo piloto do Evangelion Unidade-02, a multitalentosa Asuka Langley Soryu.
Juntos, os três conseguem derrotar vários Anjos. Conforme Shinji se ajusta à sua nova função, ele gradualmente torna-se
mais confiante e seguro de si. Asuka passa a morar com ele e os dois começam a desenvolver sentimentos confusos um pelo outro,
beijando-se com a provocação dela.

O adolescente Shinji Ikari é o piloto da Evangelion Unidade 01. Traumatizado pela morte de seu amigo Kaworu Nagisa,
Shinji visita sua parceira Asuka Langley Soryu em um hospital. Ele tenta acordá-la a balançando. Os fios se soltam e o
seu vestido abre revelando seus seios. Shinji se masturba; com sêmen em suas mãos, ele diz "Eu sou muito desprezível."
Enquanto isso, o comitê da SEELE descobre que o comandante Gendo Ikari planeja usar a NERV, a organização paramilitar
que constrói as unidades Evangelion, para seus próprios planos. SEELE despacha as Forças de Autodefesa do Japão (FADJ)
para tomar controle da NERV, matando quase toda a equipe. Misato Katsuragi, major da NERV, ordena que Asuka seja movida
para o cockpit de sua Evangelion Unidade 02 e colocada no fundo de um lago, em seguida ela salva Shinji das tropas da FADJ.
Determinada que Shinji tem que salvar a NERV, Misato leva Shinji às portas do elevador para embarcar na Unidade 01,
mas acaba levando um tiro no processo. Antes de morrer, Misato implora para que Shinji pilote a Unidade 01, beija e
força-o a fechar as portas do elevador. Shinji encontra a Unidade 01 imobilizada em baquelite.

Concluindo que a perda da NERV é inevitável, Gendo sequestra a piloto Rei Ayanami. Ele planeja usá-la para iniciar
o Terceiro Impacto, um cataclismo que irá matar todos na Terra, e o reunir com sua falecida esposa Yui. Tentando
pará-lo, Ritsuko Akagi, cientista da NERV, escreve um comando via computador para destruir a NERV. Casper,
um computador que baseado na mãe de Ritsuko, cancela o comando dela e Gendo a mata.
Dentro da Evangelion Unidade 02, Asuka consegue se recuperar do trauma e reativa a unidade. Ela destrói as forças
da FADJ, mas os novos Evangelion produzidos em massa pela SEELE desmembram ela e a Unidade 02 em pedaços.
A Unidade 01 se liberta da baquelite e sai do quartel-general da NERV. Do cockpit, Shinji vê as unidades da SEELE
carregando os restos mortais mutilados da Unidade 02 e grita.

Rebuild of Evangelion foi originalmente apresentado como uma releitura alternativa da série original de anime Neon Genesis Evangelion:
os três primeiros filmes pretendiam ser uma "releitura alternativa" da série, enquanto o quarto e último filme é prometido para ser totalmente novo,
final alternativo para a série.

• Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone é um remake quase linha por linha, plano por plano, dos episódios 1-6. Apesar das grandes semelhanças, algumas diferenças
são notáveis, como a introdução de Lilith e uma misteriosa aparição de Kaworu na lua.

• Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance continua a história de Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone, e é uma releitura ou re-imaginação muito mais flexível dos
episódios 8 a 19. Suas diferenças em relação a esses episódios incluem criaturas recém-projetadas e novos personagens, como Mari Ilustre Makinami. Asuka é
apresentada neste filme com um novo sobrenome e algumas outras diferenças de sua encarnação passada.

• Evangelion: 3.0 You Can (Not) Redo é o primeiro filme a romper completamente com a continuidade original e contar uma história verdadeiramente original,
mas apresentando fortemente um personagem visto apenas no episódio 24 da série original. Nele, é estabelecido um salto no tempo a partir do último filme,
ocorrendo 14 anos após os eventos anteriores. Uma nova organização chamada Wille é apresentada e descrita como rival da NERV. Novos tipos de Evas são
introduzidos, assim como novos personagens como Sakura Suzuhara, irmã de Toji.

• Evangelion: 3.0+1.0 Três Vezes Uma Vez conclui a história. Nele são apresentadas algumas conexões com End of Evangelion e algumas cenas marcantes do
show original. Mostra o conflito final entre NERV e WILLE, assim como entre Gendo e Shinji, revelando alguns pontos importantes da trama.

• O pensamento e o ser humano em si é confuso assim mostrando isso em grande parte do anime.

• O terceiro impacto faz alarme ao aquecimento global e ás armas nucleares que infelizmente na nossa realidade, podem levar ao fim do mundo.

• O pensamento de cada personagem, pois muita gente que viu identificou-se com personagens deste Anime e cada personagem tem uma história e pensamentos diferentes.

• O segundo impacto, que foi devido ao homem tentar recriar um deus ou até mesmo superá-lo.