A Nerv (palavra alemã para "nervo") é uma organização para-militar especial criada para combater os Anjos depois do Segundo Impacto e é a organização responsável pela criação dos Evangelions. Embora a Nerv está sob o controle das Nações Unidas, é uma organização independente nas operações. As Nações Unidas são a fonte de financiamento da Nerv, cobrindo custos com renda, equipamentos e suas operações. Na nova série de filmes Rebuild of Evangelion, a Nerv é obrigada a seguir o Tratado do Vaticano, um tratado que restringe o número de Evangelions operacionais de um único país e que pode controla-la a qualquer momento.

Um Evangelion (também conhecido simplesmente como EVA ou Eva) é um ser humano gigante dotado de um poder quase divino, criado pela organização Nerv a partir de amostras do primeiro anjo, Adão (embora a Unidade Eva 01 seja uma exceção). Os Evangelions foram supostamente criados para combater a ameaça dos Anjos, embora a sua função mais importante (e um dos seus maiores segredos da série) seja iniciar o Terceiro Impacto e evoluir a humanidade para um estado de existência perfeito. Os Evas foram desenhados por Ikuto Yamashita e pelo diretor da série Hideaki Anno. Apesar de serem seres humanos gigantes (em uma definição mais ampla da série do termo "humano"), Evangelions são muitas vezes confundidos com robôs gigantes, mas logo no episódio 02 a Unidade 01 é vista sem seu capacete, revelando que Evangelions claramente não são robôs, mas sim ciborgues, criaturas orgânicas vivas com máquinas cibernéticas e computadores conectados em seus corpos. Eles também estão cobertos da cabeça aos pés com peças metálicas que escondem a sua verdadeira forma orgânica e servem para mantê-los sob controle da organização. Evangelions foram imbuídos de almas humanas. Com a exceção da Unidade Eva 00 e, possivelmente, os Evas produção em massa, esta é sempre a alma da mãe do piloto.

Os Anjos são criaturas divinas de uma raça de seres monstruosos gigantes, sendo eles os causadores dos maiores problemas na Terra e proles de Adão. Eles são uma grande ameaça para raça humana, sendo muito poderosos e querendo causar a revolução da raça humana de forma certa como dito no manuscrito de Adão para caso alguma coisa aconteça para a dominação da terra.

O Projeto de Instrumentalidade Humana é uma evolução forçada na qual as almas de toda a humanidade são fundidas em um único ser para propósitos benevolentes, acreditando que, se unificada, a humanidade poderia finalmente superar a solidão e a alienação que eternamente a atormenta. Como resultado do Terceiro Impacto, as almas de todos os humanos seriam reunidas no Óvulo de Lilith e então fundidas, formando um único ser. Isso criaria uma existência onde ninguém existia singularmente, mas apenas como parte do todo. Na Instrumentalidade, as falhas emocionais e psicológicas de cada ser humano serão complementadas com os pontos fortes dos outros, apagando assim medos e inseguranças dos corações das pessoas. A Nerv, os Anjos, os Evas, Adão, Lilith, juntamente com o Segundo Impacto, todos fazem parte das hábeis manobras da Seele para alcançar este objetivo. Poderia ser dito como um projeto para transformar o ser humano em Deus, que é amplamente visto em The End of Evangelion, antes de Shinji decidir aceitar os humanos à parte, com diferentes Campos A.T., acabando com os planos da organização e destruindo o projeto. Metaforicamente, essa decisão poderia ser o "novo começo" indicado pelo nome da série, Neon Genesis (Novo Começo) Evangelion.

A Lilith é designada como o 2º Anjo. Como Adam, Lilith é uma Semente de Vida, criada pela Primeira Raça Ancestral há bilhões de anos. Assim, Lilith é na verdade um ser co-igual a Adão. Os outros Anjos são descendentes de Adão, mas Lilith é a progenitora dos "Lilins" mais conhecidos como humanos.